董梦秋博士

清华大学生物医学交叉研究院副教授，北京生命科学研究所高级研究员

Meng-Qiu Dong, Associate Professor, TIMBR, Ph.D. Associate Investigator, NIBS, Beijing, China

教育经历 Education

2001年

耶鲁大学分子生物物理学与生物化学系博士

Ph.D., Department of Molecular Biophysics & Biochemistry, Yale University, USA

1995年

中国科学院上海生物化学研究所硕士

M.Sc., Shanghai Institute of Biochemistry, Chinese Academy of Sciences, China

1992年

四川大学生物系学士

B.Sc., Department of Biology, Sichuan University, China

工作经历 Professional Experience

2015年-

清华大学生物医学交叉研究院副教授，北京生命科学研究所高级研究员

Associate Professor, TIMBR, Associate Investigator, National Institute of Biological Sciences,Beijing, China

2007年-2015年

北京生命科学研究所研究员

Assistant Investigator, National Institute of Biological Sciences, Beijing, China

2003年-2007年

美国斯克利普斯研究院博士后

Postdoctoral Research Associate, The Scripps Research Institute, USA

2001年-2003年

美国加洲大学圣地亚哥分校医学院博士后

Postdoctoral researcher, UCSD School of Medicine, USA

研究概述 Research Description

本实验室的研究主题包含生物学和质谱技术两部分，二者相辅相成，共同发展。

在生物学研究方面，我们以线虫为模式生物，试图了解衰老的生物学过程及其调控机制。在自然衰老过程中，线虫的转录组和蛋白质组将不可避免地发生一系列变化，借助高通量测序及质谱技术，我们可以对这些变化进行定量分析，并进一步探讨这些变化在长寿突变体线虫与野生型线虫之间有何不同。衰老过程在细胞器水平（如线粒体）上引起的变化也在我们的关注范围之内。对这些变化进行分析与归纳可以使我们更加深入地认识衰老过程，并为进一步研究调节衰老的机制打下坚实的基础。在衰老的调节机制的研究中，我们主要关注胰岛素信号通路。目前已经知道，从上游的胰岛素受体直至下游的FoxO转录因子，所有胰岛素信号通路的关键组分都具有调节寿命的功能。然而，FoxO转录因子可以在转录水平调节一系列靶蛋白，哪些关键靶蛋白最终导致了寿命的延长仍不清楚。我们希望找到这些关键靶蛋白，通过它们了解胰岛素信号通路调节寿命的奥秘。

在质谱方面，我们致力于基于质谱的蛋白质组学技术的应用与开发，以期为生物学研究提供新的思路与方法。目前，我们实验室日常的质谱分析工作包括蛋白鉴定、定量蛋白质组学分析以及翻译后修饰分析。样品多为免疫沉淀的蛋白复合物或全细胞裂解液。此外，我们与所内外其他研究者合作开发生物质谱技术，主要包括肽序列从头测序的算法开发、基于电子转移解离（ETD）谱图的高效蛋白质鉴定技术、和通过鉴定交联肽段来研究蛋白－蛋白相互作用的方法。实验室装备的质谱仪包括一台Q Exactive和一台LTQ-Orbitrap-ETD。

代表性文章 RepresentativePublications

1. Li WJ^†, Wang CW^†, Tao L^†, Yan YH^†, Zhang MJ, Liu ZX, Li YX, Zhao HQ, Li XM, He XD, Xue Y*,Dong MQ*. (2021) Insulin signaling regulates longevity through protein phosphorylation inCaenorhabditis elegans.Nat Commun. 12(1):4568.

2. Jones AX^†, Cao Y^†, Tang YL^†, Wang JH, Ding YH, Tan H, Chen ZL, Fang RQ, Yin J, Chen RC, Zhu X, She Y, Huang N, Shao F, Ye K, Sun RX, He SM, Lei X*,Dong MQ*. (2019) Improving mass spectrometry analysis of protein structures with arginine-selective chemical cross-linkers.Nat Commun. 10(1):3911.

3. Chen ZL^†, Meng JM^†, Cao Y^†, Yin JL, Fang RQ, Fan SB, Liu C, Zeng WF, Ding YH, Tan D, Wu L, Zhou WJ, Chi H, Sun RX,Dong MQ*, He SM*. (2019) A high-speed search engine pLink with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides.Nat Commun. 10(1):3404.

4. Li ST^†, Zhao HQ^†, Zhang P^†, Liang CY, Zhang YP, Hsu AL,Dong MQ* (2019) DAF-16 stabilizes the aging transcriptome and is activated in mid-agedC. elegansto cope with internal stress.Aging Cell.2019 Feb 17:e12896.

5. Ding YH^†, Gong Z^†, Dong X^†, Liu K, Liu Z, Liu C, He SM,Dong MQ*, Tang C*. (2017) Modeling protein excited-state structures from "over-length" chemical cross-links.J Biol Chem.292(4):1187-1196.

6. Tan D^†, Li Q^†, Zhang MJ, Liu C, Ma C, Zhang P, Ding YH, Fan SB, Tao L, Yang B, Li X, Ma S, Liu J, Feng B, Liu X, Wang HW, He SM, Gao N, Ye K,Dong MQ*, Lei X*. (2016) Trifunctional cross-linker for mapping protein-protein interaction networks and comparing protein conformational states.eLife. 2016 Mar 8;5. pii: e12509.

7. Lu S^†, Fan SB^†, Yang B^†, Li YX, Meng JM, Wu L, Li P, Zhang K, Zhang MJ, Fu Y, Luo J, Sun RX, He SM*, andDong MQ*. (2015) Mapping Native Disulfide Bonds at a Proteome Scale.Nature Methods12(4):329-31.

8. Shen EZ^†, Song CQ^†, Lin Y^†, Zhang WH, Su PF, Liu WY, Zhang P, Xu J, Lin N, Zhan C, Wang X, Shyr Y, Cheng H*,Dong MQ* (2014) Mitoflash frequency in early adulthood predicts lifespan inCaenorhabditis elegans.Nature 508(7494): 128-132.

9. Tao L, Xie Q, Ding YH, Li ST, Peng S, Zhang YP, Tan D, Yuan Z*,Dong MQ* (2013) CAMKII and Calcineurin Regulate the Lifespan ofCaenorhabditis elegansthrough the FOXO Transcription Factor DAF-16.eLife2:e00518.

10. Yang B^†, Wu YJ^†, Zhu M^†, Fan SB^†, Lin J, Zhang K, Li S, Chi H, Li YX, Chen HF, Luo SK, Ding YH, Wang LH, Hao Z, Xiu LY, Chen S, Ye K, He SM*, andDong MQ* (2012) Identification of Cross-linked Peptides from Complex Samples.Nature Methods 9(9): 904-906.